La serie è ambientata nell'anno 2380, 16 anni dopo l'inizio delle missioni dell'Enterprise D e un anno dopo gli avvenimenti di Star Trek - La nemesi. Narra le avventure dell'astronave della Flotta Stellare USS Cerritos, un'astronave di minore importanza rispetto alle altre apparse nelle serie di Star Trek, destinata a operazioni di routine come il "secondo contatto" con nuove specie incontrate dalle altre astronavi dalla Federazione. La storia si concentra principalmente non sulle figure che occupano il ponte di comando dell'astronave, che appaiono come personaggi di secondo piano, ma su quelle di quattro membri dell'equipaggio dei "ponti inferiori" (Lower Decks), i guardiamarina: Beckett Mariner, Brad Boimler, D'Vana Tendi e Samanthan Rutherford.
