Nel 2056 gli abitanti del pianeta Terra vengono decimati da una strana epidemia che colpisce i loro organi interni e provoca la morte. Mentre si paventa il rischio di un'estinzione del genere umano, la GeneCo, una società biotecnologica, si offre di eseguire dei trapianti d'organo a prezzi stracciati e con pagamento in piccole rate. Gli interessati in cambio devono firmare un contratto con il quale si impegnano a restituire la somma, pena la restituzione degli organi, prelevati da uomini di un commando speciale, i Repo Men. Shilo, bisognosa di trapianto e in cerca di risposte sulla misteriosa scomparsa dei genitori, entra in contatto con la GeneCo ma viene travolta da un mondo inquietante, in cui ogni azione è mirata a mettere in piedi uno spettacolare evento....