Benvenuti nella meravigliosa Thorn Valley, dove i topi hanno tutto ciò che possono desiderare...tranne un eroe. Ecco perchè viene invitato Timmy Brisby, il figlio più giovane di Jonathan Brisby, colui che tempo prima li ha salvati da un posto terribile chiamato Nimh. C'è solo un problema, Timmy è un principiante, per lui è necessario fare il corso di addestramento 101 da eroe. Impara tantissime cose, ma prima che abbia il tempo di prendere il diploma da Eroe, vengono messe alla prova le sue nuove capacità: una giovane topina di nome Jenny ha bisogno di essere aiutata a liberare i suoi genitori da Nimh, ed avvisa di una gravissima minaccia che incombe su Thorn Valley. Quest'incarico è veramente enorme per un "topo-ragazzino", ma Timmy accetta la sfida e prima ancora di aver portato a termine il lavoro riesce a provare che non è importante quanto uno sia alto e che chiunque può essere un eroe....