Maghi e Spiriti Eroici combattono e si affrontano nella Guerra del Santo Graal, al fine di ottenere la coppa onnipotente in grado di esaudire qualsiasi desiderio. Si tratta di una guerra distorta, dove una ragazza di nome Sakura Matou annega nell'oscurità a causa dei peccati commessi, e un ragazzo di nome Shirou Emiya si lancia nella furiosa battaglia per proteggere la ragazza che ama e fermare la Guerra. Illyasviel von Einzbern, conoscendo la verità che si cela dietro al conflitto, affronta il proprio destino, mentre Zouken Matou cerca di sfruttare Sakura per soddisfare i propri desideri…...