Un improvviso vortice si è aperto nei cieli di Manhattan per via dell'attacco di Alpha, un Nanite che ha intenzione di distruggere la Terra assorbendo tutta l'energia degli EVO. Chiamato dalla Providence a gestire l'emergenza, Rex si imbatte in Ben che, sotto una delle sue sembianze aliene, viene in un primo tempo attaccato e solo in seguito riconosciuto come umano. Unendo le loro forze e grazie alle rivelazioni di Caesar, che svela loro l'origine di Alpha, Rex e Ben si apprestano ad una delle battaglie più dure mai affrontate....