Il guerriero ribelle Tetsuro Hoshino, che combatte contro l'impero delle macchine e per la libertà della Galassia si reca, a bordo del treno spaziale Galaxy Express 999, alla volta del pianeta Grande Andromeda. Qui scopre, grazie all'aiuto della futura regina Maetel, quale sia la terribile verità che sostiene le infernali creature robotiche, ingaggiando uno scontro mortale con il misterioso cavaliere nero Faust. Accorrono in suo aiuto l'Arcadia di Capitan Harlock e la Queen Emeraldas della piratessa Emeralda....
